Margoth, qui se considère comme métisse, a consacré sa vie à la défense de l’environnement et des droits des peuples indigènes.

En août 2015, quand Rafael Correa était encore à la tête du pays, Margoth a été agressée physiquement par des policiers alors qu’elle participait à une grève nationale et à un mouvement de protestation auxquels avaient appelé des organisations indigènes et sociales à Puyo, dans la province de Pastaza. Elle a été maintenue en détention provisoire pendant plus d’une semaine malgré son mauvais état de santé dû à ses blessures. Par la suite, elle a été libérée sous caution et accusée de « coups et blessures et résistance ».

Le 16 novembre 2015, le juge du pôle judiciaire en matière pénale de Pastaza a prononcé son acquittement, après avoir établi que la responsabilité pénale ne pouvait être définie et que les preuves quant à la participation aux « coups et blessures et résistance » constitutifs d’infraction ou à l’existence de celle-ci n’étaient pas suffisantes. L’acquittement a été confirmé par la chambre mixte de la cour provinciale de Pastaza qui a émis une résolution en ce sens le 24 décembre 2015.

Le 29 septembre 2018, après l’entrée en fonction du président Lenín Moreno, la maison de Margoth a été incendiée intentionnellement. Le feu a détruit tous ses biens, y compris les articles qu’elle avait entreposés avec d’autres commerçants en vue de les vendre pour les fêtes de Noël.

Le 1er octobre 2018, le commandant de la brigade des pompiers de Puyo a déclaré que, d’après le rapport établi à la suite de l’enquête menée sur les lieux le lendemain des faits, l’incendie était volontaire.

Le 2 octobre 2018, Margoth a déposé une plainte au pénal auprès du parquet de la province de Pastaza, qui l’a initialement rejetée. Bien qu’une enquête ait été lancée, les auteurs matériels et intellectuels n’ont toujours pas été identifiés.  

Par ailleurs, Margoth a refusé d’intégrer le système équatorien de protection et d’aide aux victimes, témoins et autres parties dans les procédures criminelles (SPAVT) en raison de la méfiance instaurée par les blessures et mauvais traitements qu’elle a subis aux mains de la police. Elle a déclaré à ce sujet :

Je n’ai pas voulu intégrer le système de protection des victimes et des témoins, car je n’ai aucune confiance en l’actuel gouvernement, je ne crois pas du tout à l’indépendance du système judiciaire équatorien, et je ne fais absolument pas confiance à l’armée ni à la police.